指导学生
・ 闫天娇，2022级本科生（专业：生命科学，北京大学）
・ 张绵淏，2022级本科生（专业：自然地理，北京大学）
・ 赖先璐，2022级本科生（专业：环境工程，中国农业大学）
・ 傅文铮，2021级本科生（专业：生态学，北京大学）
・ 杨嘉怡，2025级博士生（本科：南方科技大学）
・ 赵雨婷，2024级博士生（本科：浙江大学）
・ 顾家源，2023级硕士生（本科：University of British Columbia, Canada）
指导博士后
・ 赵晓惠，2024年9月入站（博士：西安理工+北京大学 联合培养）
・ 刘娜，2024年9月入站（博士：University of California Santa Barbara, USA）
・ 李佳彦，2023年11月入站（博士：四川农业大学）
・ 周顺，2023年9月入站（博士：中国海洋大学）
・ 张少华，2023年9月入站（博士：内蒙古大学）
科研人员
・ 苏雪霞，生物信息学工程师（硕士：北京大学 - 计算机科学）
・ 赵小红，生物信息学工程师（硕士：University of Tennessee, USA - 计算机科学 和 中国科学院动物研究所 - 发育生物学）
・ 黄文，微生物技术员（硕士：天津科技大学 - 生物工程）
・ 张雪，微生物技术员（硕士：兰州大学+中国科学院青藏高原研究所 联合培养 - 生态学）
・ 杨翠云，实验室主管（博士：中国科学院水生生物研究所 - 环境科学）
目前招收
・ 本科生：欢迎科研实习或拔尖计划的本科生加入
・ 硕士/博士研究生：目前2025年招生已结束，欢迎有意申请2026年入学的硕士/博士联系
・ 博士后：//postdocs.dzpclub.com/zpxx/03e0389b28474708ae304cc721953176.htm
・ 科研人员（微生物或生物信息学）：北京大学劳动合同制，提供五险一金，待遇面议
期待对环境微生物学、生物地球化学、微生物生态学、地质微生物学、合成生物学、生物信息学等研究内容感兴趣和有相关背景的同学以及科研工作者加入我们！
研究目标
微生物在地球生态系统中发挥着至关重要的作用。我们实验组致力于解析地球生物化学循环中微生物组群的动态和功能，了解气候变化与微生物之间的相互作用，探索并利用微生物的生化反应潜能。
研究方向
1. 温室气体甲烷的生物氧化
2. 金属元素的微生物代谢
3. 微生物之间的相互作用和共生方式
研究方法
结合传统与尖端的微生物实验技术，如菌种培养、代谢产物分析、同位素示踪、遗传与进化分析、高通量测序、合成生物学、电化学、矿物结构分析、荧光与纳米二次离子质谱成像等。
野外科考
2023/08：天然湿地，内蒙古，中国
2018/10：ROC HITS深海考察, R/V Atlantis, 哥斯达黎加
2011, 2016, 2017, 2018：Monterey Canyon近海考察, R/V Western Flyer, 美国
2013, 2014, 2015：美洲大陆地质地貌实习, 美国和墨西哥
2013/03：死亡谷国家公园地质测绘, California, 美国
2013/02：磁地层和化石样品采集, James Ross Island, 南极
2009, 2010：森林土壤的长期生产力调查, British Columbia, 加拿大
Publications
Full publication list: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=3no8Uy8AAAAJ
Rodríguez, O., Metcalfe, K.S., McGlynn, S.E., Yu, H., Dekas, A.E., Ellisman, M., Deerinck, T., Grotzinger, J.P., and Orphan, V.J. (2023) Microbially-induced precipitation of silica by anaerobic methane-oxidizing consortia and implications for microbial fossil preservation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120 (51) e2302156120. //doi.org/10.1073/pnas.2302156120
Murali, R., Yu, H., Speth, D.R., Wu, F., Metcalfe, K. S., Crémière, A., Laso-Pèrez, R., Malmstrom, R.R., Goudeau, D., Woyke, T., Hatzenpichler, R., Chadwick, G.L., Connon, S.A., and Orphan, V.J. (2023). Physiological potential and evolutionary trajectories of syntrophic sulfate-reducing bacterial partners of anaerobic methanotrophic archaea. PLoS Biology, 21(9), e3002292. //doi.org/10.1371/journal.pbio.3002292
Yu, H., Speth, D.R., Connon, S.A., Goudeau, D., Malmstrom, R.R., Woyke, T., and Orphan, V.J. (2022) Community structure and microbial associations in sediment-free methanotrophic enrichment cultures from a marine methane seep. Applied and Environmental Microbiology. e02109-21. //doi.org/10.1128/aem.02109-21
Heryakusuma, C., Susanti, D., Yu, H., Li, Z., Purwantini, E., Hettich, R.L., Orphan, V.J., and Mukhopadhyay, B. (2022) A reduced F420-dependent nitrite reductase (FNiR) in an anaerobic methanotrophic archaeon. Journal of Bacteriology. e00078-22. //doi.org/10.1128/jb.00078-22
Yu, H., Chadwick, G.L., Lingappa, U.F., and Leadbetter J.R. (2022) Comparative genomics on cultivated and uncultivated, freshwater and marine “Candidatus Manganitrophaceae” species implies their worldwide reach in manganese chemolithoautotrophy. mBio. 13 (2), e03421-21. //doi.org/10.1128/mbio.03421-21
Chadwick, G. L., Skennerton, C. T., Laso-Pérez, R., Leu, A. O., Speth, D. R., Yu, H., Morgan-Lang, C., Hatzenpichler, R., Goudeau, D., & Malmstrom, R. (2022). Comparative genomics reveals electron transfer and syntrophic mechanisms differentiating methanotrophic and methanogenic archaea. PLoS Biology 20 (1): e3001508. //doi.org/10.1371/journal.pbio.3001508
Yu, H., Skennerton, C.T., Chadwick, G.L., Leu, A.O., Aoki, M., Tyson, G.W., and Orphan V.J. (2022) Sulfate differentially stimulates but is not respired by diverse anaerobic methanotrophic archaea. The ISME Journal 16, 168–177. //doi.org/10.1038/s41396-021-01047-0 (Editors’ Choice)
Yu, H., Leadbetter, J.R. (2020) Bacterial chemolithoautotrophy via manganese oxidation. Nature 583, 453–458. //doi.org/10.1038/s41586-020-2468-5 (Nature Cover)
Yu, H., Susanti, D., McGlynn, S.E., Skennerton, C.T., Chourey, K., Iyer, R., Scheller, S., Tavormina, P., Hettich, R.L., Mukhopadhyay, B., and Orphan, V.J. (2018) Comparative genomics and proteomic analysis of assimilatory sulfate reduction pathways in anaerobic methanotrophic archaea. Frontiers in Microbiology. 9. //doi.org/10.3389/fmicb.2018.02917
Scheller, S., Yu, H., Chadwick, G.L., McGlynn, S.E., and Orphan, V.J. (2016) Artificial electron acceptors decouple archaeal methane oxidation from sulfate reduction. Science 351: 703–707. //doi.org/10.1126/science.aad7154 (Science Perspective)
van Baren, M.J., Bachy, C., Reistetter, E.N., Purvine, S.O., Grimwood, J., Sudek, S., Yu, H., Poirier, C., Deerinck, T.J., Kuo, A., Grigoriev, I.V., Wong, C., Smith, R.D., Callister, S.J., Wei, C., Schmutz, J., and Worden, A.Z. (2016) Evidence-based green algal genomics reveals marine diversity and ancestral characteristics of land plants. BMC Genomics 17: 267. //doi.org/10.1186/s12864-016-2585-6
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Hartmann, M., Howes, C.G., VanInsberghe, D., Yu, H., Bachar, D., Christen, R., Nilsson, R.H., Hallam, S.J. and Mohn, W.W. (2012) Significant and persistent impact of timber harvesting on soil microbial communities in Northern coniferous forests. The ISME Journal 6, 2199–2218. //doi.org/10.1038/ismej.2012.84
Patents
Scheller, S., Orphan, V. J. and Yu, H. (2017). Methane oxidation methods and compositions. United States Patent No. US20170107479A1.
